El proyecto académico que promueve la Universidad Autónoma de Chile desde sus inicios se orienta hacia la provisión de una formación de calidad, puesta al servicio de las necesidades y requerimientos de las comunidades y los territorios donde le corresponde incidir e impactar, promoviendo con ello su desarrollo social y económico. Para dar cumplimiento cabal a estos propósitos, la Universidad Autónoma de Chile se ha provisto de Planes de Desarrollo Estratégicos que alinean estos objetivos de desarrollo con las estrategias y acciones de implementación que garanticen su correcto cumplimiento, al tiempo que implementando sistemas de seguimiento para su adecuado control y ajuste.
La Universidad Autónoma de Chile establece el Sistema de Planificación Institucional (SPI) el cual propicia que la Universidad oriente su toma de decisiones y asignación de recursos en función de la definición previa de metas y objetivos de mediano y largo plazo. Asimismo, busca resguardar un necesario alineamiento con la misión y valores institucionales, propendiendo con ello a una cultura de planificación y rendición de cuentas, que movilice a la organización hacia el cumplimiento de los compromisos adquiridos por las distintas áreas de la Universidad.